处理知网查重编号非法编号的方法有：1.联系知网客服进行咨询和处理；2.检查文献中是否存在非法编号，并进行修改；3.遵守知网相关规定，保证编号的合法性。在处理过程中，务必保持耐心和细心，避免因处理不当导致不必要的麻烦。

另外，处理知网查重编号非法编号时，还要注意保护个人信息安全，避免泄露敏感信息。可以在处理过程中参考知网的相关政策和规定，以确保处理的合法性和有效性。同时，及时更新文献信息，以免影响后续的使用和引用。